Immunhistokemiske og in situ hybridiseringsteknikker
Immunhistokemisk påvisning af proteiner i væv anvendes i stor udstrækning i rutinediagnostik i alle organsystemer mhp. karakterisering af celler, herunder tumorceller og immunceller, inkl. detektion af prognostiske og prædiktive biomarkører relevante i behandling af forskellige kræfttyper. Dette anvendes ofte i afdelingens forskning som primær forskningsmetode eller som validering af resultater fra molekylærpatologiske analyser. Fluorescerende in situ hybridisering (FISH) anvendes ofte diagnostisk til detektion af ændringer af DNA i hæmatologiske cancere og kan påvise DNA-ændringer med betydning for prognose og behandlingsrespons (f.eks. HER2 i brystcancer). FISH giver gode muligheder for multiplexing, hvor co-lokalisation af proteiner undersøges. RNAScope anvendes både diagnostisk og forskningsmæssigt og er en RNA in situ hybridiseringsteknik, som detekterer mRNA eller miRNA i enkelte celler lysmikroskopisk.
Digital patologi
Afdelingen har gennem flere år anvendt Visiopharms CE-godkendte software til rutinemæssig digital aflæsning og afrapportering af biomarkøranalyser indenfor brystkræftområdet og har nu suppleret med Visiopharms forskningsplatform til digital analyse af væv, hvilket giver mulighed for dels at anvende og dels at udvikle egne målrettede applikationer til specifikke formål. Digital patologi og den nyeste udvikling indenfor kunstig intelligens (kaldet deep learning), er en del af udviklingen, som på sigt kan højne kvaliteten og sikre reproducerbarhed af de diagnostiske procedurer bl.a. ved at kunne bidrage med en mere detaljeret og robust analyse. Med Visiopharms software er det muligt at anvende algoritmer, som præcist angiver omfanget af den positive reaktion. Der vil således være sikkerhed for, at den patient, der tilbydes den omkostningstunge behandling, også med stor sandsynlighed får effekt af behandlingen, og samtidig undgår man at udsætte patienter, som alligevel ikke vil have gavn af behandlingen, for unødige bivirkninger. Implementering af deep learning-teknologien i rutinemæssig sammenhæng vil blive baseret på resultater fra kliniske studier samt validering af disse resultater på sammenlignelige populationer eller faktiske kliniske data.
Genekspressions-teknikker
Patologiafdelingen anvender rutinemæssigt genekspressionsundersøgelser af brysttumorer med NanoString-teknologi. I disse rutineanalyser bestemmes diagnostiske og behandlingsrelevante brystkræft-subtyper via en 50-gen-profil. Udstyret og ekspertisen på teknologien muliggør samtidig anvendelse i forskningsprojekter, hvor op til 800 geners ekspressionsniveauer kortlægges kvantitativt præcist på RNA-materialer oprenset fra formalinfikseret vævsmateriale. NanoString-teknologi har i forskningsregi været anvendt i afdelingen på brysttumorer, hud (T-cellelymfom, malignt melanom, sår), tyktarmstumorer, hjerne (Creutzfeldt-Jakob) og væv fra forsøgsdyr (mus). Afdelingen har anskaffet GeoMx-udstyr fra NanoString Technologies, som giver mulighed for detektion af specifikke genekspressionsprofiler i særligt udvalgte celler in situ. Metoden anvendes til at undersøge heterogenitet i tumorvæv og tumor mikromiljø.
Next-Generation Sequencing
Afdelingen foretager rutinemæssigt analyser ved Next-Generation Sequencing (NGS) for en række patientgrupper, herunder lunge-, colorektal-, mamma-, hud- samt urologisk og gynækologisk cancer. Teknologien udnyttes desuden i forskningsprojekter – interne såvel som eksterne. Desuden muliggør data også retrospektive mutationsopgørelser.
Human Papilloma Virus (HPV)
Patologiafdelingen er screeningsfacilitet for cervixcancer og deltager i landsdækkende projekter vedr. primær HPV-genotypning samt lokale projekter indenfor metodeudvikling af HPV-analyse for såvel cervixcancer som andre HPV-relaterede cancerformer (eksempelvis oropharyngeal cancer og analcancer).
MassArray
Ved hjælp af massespektrometri er det muligt at lave mutationsundersøgelser. Metoden kan undersøge for op til 200 kendte mutationer i enkelt analyse. Analysen er hurtig og bruges i forskningsprojekter indenfor Kronisk Myeloid Leukæmi (CML), colorektalcancer og lungecancer og forventes at ville kunne anvendes rutinemæssigt til at undersøge for resistensmutationer hos CML-patienter.
Digital PCR
Digital PCR (dPCR) er en kvantitativ PCR-metode, der er videreudviklet fra real time quantitative PCR (qPCR). Digital PCR har en højere følsomhed og præcision end qPCR. Afdelingen benytter bl.a. dPCR rutinemæssigt til måling af sygdomsniveauet hos patienter med kronisk myeloid leukæmi (CML) og påvisning af mutationer hos lymfom- og melanompatienter. Forskningsmæssigt bruges dPCR i afdelingen til måling af cirkulerende tumor DNA (ctDNA) i plasma (liquid biopsies) i en række prospektive nationale og internationale kliniske protokoller indenfor lungecancer, coloncancer, esophagus- og ventrikelcancer, analcancer, samt resistensmutationer hos CML-patienter.