Center for Applied Microbiota and Microbial Genomics (CAMMiG)

CAMMiG anvender Next Generation Sequencing (NGS) inden for klinisk mikrobiologi.

CAMMiG anvender Next Generation Sequencing (NGS) inden for klinisk mikrobiologi. Centret fokuserer primært på den kliniske anvendelse af microbiomics og mikrobiologisk helgenomsekventering (WGS) samt flere amplikonsekventering som 16S rRNA og SARS-CoV-2.
Alt dette sker med patienten i centrum – for en bedre og hurtigere diagnose og forbedret behandling.

Som en del af den regionale klinisk mikrobiologiske afdeling i Region Sjælland eksisterer centret for at skabe en samlet indsats i organiseringen af den omfattende erfaring med klinisk anvendelse og forskning inden for afdelingen.

Helgenomsekventering
Med henblik på smittesporing af multiresistente bakterier, fødevarebårne infektioner og andre udbrud, bruges sekventering til at profilere diverse bakterier efter fremdyrkning. Ved at sekventere hele genomet findes hele den genetiske kode og dermed også bakteriens “fingeraftryk”. Herfra sammenlignes genomet med andre relevante stammer for at afklare om de er identiske eller deler mobile genetiske elementer.

Databehandlingen for helgenomsekventering fokuserer på at finde resistensgener, plasmid replikons, MLST og species identifikation.

16S
Patienter med tilstande, der kræver lang tids behandling som infektioner i knogler, led og hjerteklapper har glæde af fordelene ved smalspektret, målrettet behandling. Til det kræves hurtig og præcis identifikation af bakterierne, der forårsager infektion. Hos de fleste skyldes et negativt dyrkningssvar, at patienten har fået antibiotika forud for prøvetagning eller, at bakterierne ikke vokser under standardbetingelserne for dyrkning. Ved at sekventere 16S rRNA genet kan man komme ud over dette problem og identificere species ud fra dette unikke stykke genomiske materiale.

SARS-CoV-2
SARS-CoV-2 sekventering har været en fast del af repertoiret for centeret siden covid-19 pandemien. I dag bruges sekventeringen af virusgenomet til at identificere varianter og overvåge udviklingen af mutationer over tid, specielt hos immunsupprimerede patienter.

SARS-CoV-2 sekventering bygger på sekventering af cirka 30 amplikons på tværs af genomet så man til sidst kan samle dem og danne et fuldt billede .

Metagenomsekventering
Vi har opdateret den diagnostiske sekventering af bakterielt DNA i patientprøver således, at vi nu potentielt kan påvise samtlige bakterier ved multibakterielle infektioner. Dette er et væsentligt fremskridt, som betyder, at undersøgelsen kan fastlægge årsager til infektioner hos endnu flere patienter.

Derudover bruges metagenomsekventering også til karakterisering af kroppens forskellige mikrobiomer. Tidligere forskningsaktiviteter peger på, at mikrobiomernes sammensætning ændrer sig drastisk mellem forskellige patientgrupper og kan i fremtiden være et effektivt diagnostisk værktøj.